その一方、巨椋池の位置するエリアは低湿地であったため、過去には幾度となく水害に見舞われてきました。奈良時代から少なくとも100回以上の洪水が起こったとされ、近代に入ってからも1871～1907年の間に８回も大規模な水害が発生しています。

明治期に本格的な治水対策がとられるようになり、1906年には宇治川の付け替えが行われ、巨椋池は川と完全に切り離されました。

ちなみに、1896年に奈良鉄道（現在のJR奈良線）の桃山〜玉水間が開業した際、巨椋池があったため線路は迂回して設置されました。

その後の巨椋池を待ち受けていたのは悲惨な運命でした。

水の循環が失われた結果、池の底に汚泥が堆積するなど水質の悪化が見られるようになります。その影響から蚊が大量に発生し、周辺の村ではマラリアが流行。漁獲量も減少し、周辺の農作物にも被害がおよびました。

かつて平安貴族に愛された巨椋池は「無用有害に近い存在」という扱いを受けるようになったのです。

現在、巨椋池のあった場所は緑豊かな田園地帯が広がり、向島ニュータウンなどの住宅地としても利用されています。

ちなみに、日本で一番大きい池（慣例で水深おおむね５ｍ未満）は鳥取県の湖山池（こやまいけ）で、その面積は約690ha。もし干拓事業がなければ、京都には今でも日本一広い池が存在したのです。

京都の中心部から伏見まで流れる高瀬川は、物資を輸送するためにつくられました。開削を行ったのは豪商・角倉了以（すみのくらりょうい）で、1611年にはじまった工事は３年後に完了。総工費の約7万5000両（現在の価値で約75億円）は、すべて角倉了以が負担したといいます。なお、荷物の上げ下ろしや方向転換をする場所 を「船入」といい、かつては９カ所に存在しました。

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