その考えは高等教育にも波及し、1872年には女性のための教育機関として新英学校及女紅場（しんえいがっこうおよびにょこうば）（現府立鴨沂（おうき）高等学校）が開校しました。

さらにその3年後には同志社大学の前身である同志社英学校が開かれています。立命館大学は公家出身で最後の元老といわれた政治家の西園寺公望（さいおんじきんもち）が1869年に開いた私塾立命館（1年後に閉鎖）を創始とし、京都法政学校の開設された1900年を設立年とします。

公立の京都府立大学は、1895年に設置された京都府簡易農学校がはじまりです。

また、人材教育は京都市の仏教界においても活発となります。もともと僧侶向けの教育機関を持つ寺院は多くありました。しかし、明治時代初期に起きた仏教排斥活動「廃仏毀釈（はいぶつきしゃく）」によって、運営や僧侶の確保が難しくなります。そこで寺院は仏教関係者以外の受け入れもはじめ、各宗派の学寮が大学として設立されていきます。

現在は浄土真宗本願寺派の龍谷大学、大谷派の大谷大学、浄土宗の佛教大学、臨済宗の花園大学などがあります。

最近、メディアをにぎわせたのは、京都市立芸術大学による校名の使用差し止め訴訟です。開校30周年を前にして、私立の京都造形芸術大学が「京都芸術大学」に改称することを決定し、2020年4月から校名を使用していました。これに対し市立芸大が、名称の使用差し止めを求めたのです。裁判の結果、大阪地裁は市立芸大側の訴えを退けています。

京都大学や龍谷大学をはじめ、市内に複数のキャンパスを有する大学もあります。

・京都府の４地形区と断層／京都盆地とその出入り口（逢坂と大山崎）
・琵琶湖疏水の秘密／洛中と洛外を隔てるおどい
・観光のメッカ東山の地形（地獄の入り口六道珍皇寺）
・失われた巨椋池／天橋立はなぜあのような地形になったのか
・舞鶴が重要港湾となった地形的な秘密
・霧のまち亀岡（亀岡盆地）

…などなど京都のダイナミックな自然のポイントを解説。

・山城盆地を通る街道（東海道、中山道の終着地）
・若狭と京都を結ぶ「鯖街道」
・日本初の一般営業用電車が通った京都市電
・京都鉄道博物館
・梅小路
・京都の私鉄〇〇な阪急
・大赤字から復活した京都丹後鉄道

…などなど京都ならではの交通事情を網羅。

・丹後に一大勢力が存在した証拠　三大古墳に埋葬された人々
・古代日本を支えた渡来人と京都の関係
・なぜ京都は都になったのか　恭仁京～平安京までの変
・南北朝動乱の始まり　笠置山の戦い
・信長、光秀、秀吉…みんな京都で死んだ
・幕末の騒乱の舞台となった京都
・近代化にいち早く着手！日本初の博覧会は京都の寺で開かれた

…などなど、激動の京都の歴史に興味を惹きつける。

・シンボル京都タワーと近代建築
・学問の都・京都の大学
・京料理とそれを支える伝統野菜
・「丹波」ブランドをめぐる攻防
・日本映画と京都
・「女酒」伏見の酒蔵
・王城の裏鬼門「男山」と岩清水八幡宮

…などなど京都の発展の歩みをたどる。