一方、古くから農業を中心としていた熊本藩では、藩による治水灌漑や殖産興業にも熱心で、たびたび自然災害や飢饉に見舞われたものの、それを乗り越え、しっかりとした幕藩体制を築いていたと評されています。

1752（宝暦2）年には６代藩主の細川重賢（しげかた）が宝暦の改革を行い、飢饉に備えて穀物の備蓄を行い、天明の大飢饉の際にはさらに私財も加えて領民救済にあたり、その仁政ぶりが高く評価されるなど、熊本藩では江戸時代を通して安定した治世が続きました。そのため、1869（明治2）年の版籍奉還後もその体制が大きく変わることはありませんでした。

しかし、1876（明治9）年、神風連の乱が起きます。明治維新後急速に欧米化する政府に反発した旧肥後藩士の太田黒伴雄（おおたぐろともお）以下170名が熊本鎮台を襲撃、120余名が討死、または自決して果てました。そして翌年、熊本を大きく変えるできごとが起きます。

日本における最後の内戦ともいえる西南戦争です。1877（明治10）年2月14日、西郷隆盛の指揮下、薩摩軍の先鋒隊が薩摩を出発、17日には西郷自身も熊本へ向かいました。そして2月22日、薩摩軍は熊本城にある熊本鎮台を強襲。それに対して鎮台側は強固な防御態勢を敷いて籠城、薩摩軍は熊本城を包囲します。この西郷隆盛の挙兵に対し、明治新政府は有栖川宮熾仁親王（ありすがわのみやたるひとしんのう）を鹿児島県逆徒征討総督とする討伐軍を2月22日に博多に上陸させ、3月4日には、両軍が田原坂で激突しました。薩摩軍に対して官軍は狙撃兵を配し、１日平均32万発もの弾雨が浴びせかけます。その弾丸と薩摩軍が撃った弾丸が何発も空中で激突したほどだったといいます。そして17日間にわたる激闘の末、3月20日、官軍はようやく田原坂を制圧しました。

一方、3月19日には黒田清隆が率いる別動旅団が日奈久（ひなぐ）に上陸して八代を制圧。さらに3月25日には山田顕義（あきよし）率いる旅団と川路利良（かわじとしよし）率いる旅団も加わり、薩摩軍と激しい戦いを続け、熊本市が焼け野原になる中、4月15日には、熊本城の包囲を解くことに成功、攻勢に転じました。ここで薩摩軍は、日向地方に転じて再起を図ります。しかし、6月1日には人吉、7月24日には都城、同31日には宮崎、佐土原を失うに至り、西郷一行は官軍の包囲を脱出。鹿児島に帰って城山に籠りますが、9月24日の西郷隆盛の自決で西南戦争は終結しました。薩摩軍の戦死者は6000人前後、官軍の戦死者は6800余だったとされています。この西南戦争で熊本全土が戦場となりましたが、熊本はこの戦いの終結をもって、本格的に近代化の時代を迎えたのでした。

参考資料：『山川 日本史総合図録』（増補版）2008年

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