1192（建久3）年に源頼朝が征夷大将軍に任じられ鎌倉幕府が創建されると、奥州の各地に鎌倉御家人が地頭として入ってきます。

源頼朝の死後に鎌倉幕府が合議制へと移行し、三代将軍・源実朝（さねとも）が鶴岡八幡宮（神奈川県鎌倉市）で暗殺されて源氏将軍の血脈が途絶えると、執権北条氏が幕府の実権を掌握しました。

執権北条氏は奥州に所領を増やし、このため奥州は執権北条氏の権力基盤となります。そして執権北条氏の地頭代として同地に赴任したのが、甲斐源氏の流れを汲む南部氏でした。

鎌倉幕府の滅亡後は、八戸南部氏が建武政権下で糠部（ぬかのぶ）郡奉行に任じられました。しかし、陸奥鎮守府将軍・北畠顕家（きたばたけあきいえ）が敗北すると、八戸南部氏ら南朝方勢力は威勢を失います。

かわって台頭したのは三戸（さんのへ）南部氏で、1418（応永25）年には上洛して室町幕府の三代将軍・足利義満（よしみつ）に糠部の駿馬100頭と金1000両を献上し、「関東大名南部」の名を天下に轟かせました。

室町時代には足利一門の流れを汲む斯波（しば）氏や奥州探題・大崎氏が奥羽の国人領主の上に君臨しますが、応仁の乱で幕府の権威が失墜すると、下剋上の風潮が奥州にも波及し、奥州探題に反旗を翻す国人領主が現れます。

戦国時代に勢力を拡大したのは三戸南部氏でした。南部信直（のぶなお）は豊臣秀吉の小田原征伐に参陣して秀吉と知遇を得ます。天下統一事業の最終仕上げとして、秀吉は東北の領地再編（奥州仕置（おうしゅうしおき））を行い、南部氏の本領は安堵される一方で、処遇に不満を抱いた九戸政実（くのへまさざね）が反乱を起こしました。

さらに陸奥の各地では葛西大崎一揆や仙北（せんぼく）一揆、和賀・稗貫（わがひえぬき）一揆と豊臣政権に対する反乱が相次ぎます。秀吉は10万の軍を派遣して鎮圧。南部氏には和賀郡と稗貫郡が加増され、豊臣政権下で南部氏の正当性が確立されました。

なお、同族の南部氏を攻撃して津軽地方で独立した大浦（おおうら）氏（津軽氏）も秀吉から所領を安堵されて正式に大名となり、南部と津軽の諍いはこの時代から始まります。

南部信直は盛岡に拠を定めて盛岡城の築城を開始しますが、その完成を見ずに1599（慶長4）年に病没しました。南部信直の死後は長男の南部利直（としなお）が南部氏を後継し、五大老の徳川家康に接近します。そうした状況下で関ヶ原の戦いを迎えることになります。

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