後鳥羽上皇が仮御所にして、最期は葬られた源福寺跡には1939年に隠岐神社が建てられ、後鳥羽上皇を祭神としています。境内には御火葬塚や歌碑があり、北側には海士町後鳥羽院資料館が建てられ、後鳥羽上皇に関する宝物を見ることができます。

後鳥羽上皇が流されてから111年後の1332年、同じく倒幕を計画しますが、正中の変、元弘の変で失敗した後醍醐天皇が隠岐に流されました。この時の天皇の御所についてはふたつの説があります。ひとつは西ノ島町の黒木御所（くろきごしょ）です。現在は関係史料を展示する碧風館や黒木神社が建っています。もうひとつは隠岐の島町の隠岐国分寺で、こちらには後醍醐天皇行在所趾の碑が建っています。どちらも決定的な史料がなく結論は出ていません。

天皇は隠岐に流されても倒幕の意志を捨てず1333年には隠岐を脱出。伯耆（ほうき）（現在の鳥取県中西部）に上陸し船上山（鳥取県琴浦町）で兵を挙げ、鎌倉幕府が滅ぶと京都に戻っています。

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