この噴火による人的被害はなかったとされますが、噴火が停止してほぼ1か月後の5月21日（4月1日）に強い地震が発生、東に隣接する眉山が大崩壊して、0.34㎦の岩屑が有明海になだれ込みました。そのため、最大波高10ｍの大津波が発生、約20分で肥後天草に到達し、それが肥後の海岸で反射して再び島原を襲いました。

現在の眉山。眉山の南東部が大きくえぐれ、大崩壊したことが読み取れます。また、地図右上の有明海に点在している小島群は九十九島と呼ばれていますが、眉山の大崩壊で有明海に流れ出した大量の土砂によって形成されたものです。

熊本県玉名郡長洲町大字長洲。長洲では600人ほどが死亡したとされています。

熊本県玉名市岱明町下沖洲にあります。

熊本県玉名市岱明町扇崎。玉名地域では、干拓地を造成中だった地域での被害が甚大で、玉名郡内では2221人が亡くなりました。

熊本県玉名市横島町横島付近。横島地区はまだ耕地化されておらず住民は山の中腹に住んでいたため、この地での被害記録はありませんでしたが、ここまで津波が打ち寄せたとされる石が残されています。

熊本県熊本市西区河内町河内。旧河内村塩屋地区では、約100人が亡くなったとの記録があります。

熊本県宇土市戸口町。宇土郡の合計死者数は1266 人にものぼりました。

熊本県宇城市三角町大田尾。津波境と書かれた石碑があります。この碑が建てられているのは、海抜20ｍ、海岸から250ｍほど内陸に入った地点ですが、ここまで津波が進入してきたことを示しています。

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