羽越本線の建設を待望する声は、1901（明治34）年３月の第15回帝国議会に遡ります。そこで建設決定に至りませんでしたが、1906（明治39）年の帝国議会に提出された「新潟県下新発田（しばた）より山形県下米沢に至る鉄道」が、「新潟県下新発田より村上、山形県下鶴岡・酒田、秋田県下本荘を経て秋田に至る線」として修正可決され、羽越本線（当時は羽越線）が予定線のひとつに加えられました。

その後、新潟・山形・秋田とおよそ県ごとに３区間に分かれて着工。かくして、1912（大正元）年9月に新津〜新発田間が開業。2年後には村上線として村上まで延伸開業。

秋田県内では、羽後亀田（うごかめだ）〜羽後本荘（うごほんじょう）間を内陸とするか海岸線とするかで対立があったものの、1917（大正６）年に前者と決定。そうした中、余目（あまるめ）〜羽後岩谷（うごいわや）間が酒田線・陸羽西線、鼠ケ関（ねずがせき）〜余目間が陸羽西線（りくうさいせん）、羽後岩谷〜秋田間が羽越北線（うえつほくせん）として建設され、1924（大正13）年４月20日、新津〜秋田間が全通しました。

羽越本線は、全国屈指の重要幹線である日本海縦貫線の一部を担っています。日本海縦貫線とは、大阪から青森まで、日本海側の鉄道を1本につないだ路線の総称で、東海道本線、湖西線、北陸本線、IRいしかわ鉄道、あいの風とやま鉄道、えちごトキめき鉄道、信越本線、白新線、羽越本線、奥羽本線で構成されます。青森からはさらに青函トンネル経由で北海道を結んでいます。

貨物列車の大動脈であり、九州から関西、北陸、東北、北海道までを連絡して昼夜問わず多数の列車が運転されています。全線を通して運転する旅客列車はなくなりましたが、1960年代以降、昼行の特急「白鳥」、夜行の特急「日本海」が大阪〜青森間を結び長らく走り続けました。

「日本海」は寝台特急として2013（平成25）年1月まで運転されていた名列車です。1947（昭和22）年7月のダイヤ改正で、日本海縦貫急行が大阪〜青森間で運転を開始。1950（昭和25）年11月に「日本海」の愛称をつけられたのがその始まりです。

以後、急行「日本海」は大阪〜新潟間の夜行列車、羽越・奥羽本線内での都市間連絡、北海道連絡と多目的に活躍しましたが、1968（昭和43）年10月改正でこれらの機能は急行「きたぐに」に譲り、「日本海」は20系ブルートレインを使用した寝台特急に変更。昼行の特急「白鳥」とともに日本海縦貫線のスターとなりました。

「日本海」はのちに24系客車化され、青函トンネル開通後は函館駅まで延長運転も行うなど大活躍。日本海に沿った走行距離は片道何と約1000㎞。沿線各地の多くの乗客が利用し、最後まで親しまれました。

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